Yes, I think で means "at" or "in". So the subject should be 時刻, I guessed.
うーん... I don't imagine the case you mention right now. Actually 東京(日本)ではいま5:30 AMなので すごく眠いです
Lemme answer your post script first.
東京で(今)何時ですか is not used.
My quick *natural* candidates are:
東京はいま何時ですか? <probably most natual>
東京っていま何時ですか? <casual version>
東京ではいま何時ですか? <responce to other time>
東京のいまの時刻 {時間} (って) 教えてもらえますか? <"Can you tell me the current time in Tokyo?">
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"今では" means "but now"
* It used to be [foo], but now it's [bar].
* At first it was [foo], but now it's [bar].
So basically "では" seems to indicate the contrast.
- Minnesota は 10 時ですけど、千葉は何時ですか? <most nattural perhaps>
- Minnesota では 10 時ですけど、千葉はいま何時ですか? <okay>
- Minnesota は 10 時ですけど、千葉では何時ですか? <okay>
- Minnesota では 10 時ですけど、千葉では何時ですか? <okay>
ところで、when you mention old days you cannot use では, instead use "には".
- 1980年 には FORTRAN 77 を使っていましたけど、今は C# を使っています。 <okay>
- 1980年 には FORTRAN 77 を使っていましたけど、今では C# を使っています。 <okay>
They -- は and には -- differ slightly. Former is rather plain, does not include negative nuance to FORTRAN 77. Other persons might use the language today. On the other hand, from the latter you may feel the atmosphere that FORTRAN 77 is obsolete and might not be used (widely) *nowadays*.
Also be aware of the following mistakes:
- 1980年 は FORTRAN 77 を使っていましたけど、今は C# を使っています。 <は alone is incorrect>
- 1980年 では FORTRAN 77 を使っていましたけど、今は C# を使っています。 <では is incorrect>
I don't think these fulfill your requirements completely but for now,
maz